神石可以替换，但需要区分替换装备和替换神石两种情况：已经镶嵌神石的装备更换后，原有神石不会因为换装而消失；如果是想把一颗神石换成另一颗，则需要进入庄园的神石商人界面，先拆卸原神石，再选择新的神石进行镶嵌。只有符合条件的觉醒装备才能使用神石，并且必须先解锁对应孔位。
替换神石的具体操作顺序是先打开庄园神石商人，进入神石镶嵌或拆卸页面，选中目标装备和需要更换的孔位，点击拆卸并确认消耗，再从神石仓库或背包中选择新神石镶入。单件装备最多拥有3个神石槽，孔位解锁费用通常依次为1万、3万、5万传奇币，拆卸神石还需额外消耗1万传奇币；传奇币不足时，界面不会完成拆卸或镶嵌。
前期玩家不建议频繁更换低等级神石，因为每次拆卸都要支付传奇币，属性提升有限时容易造成资源浪费。刚获得系统功能时，可先使用容易获取的过渡神石，优先把第一个孔位开出；当拿到更高等级神石，或神石属性与职业需求明显不匹配时，再集中替换。输出不足时优先更换攻击、穿透类属性，刷高难度地图或经常被首领击败时，则优先考虑防御、生存类属性。
更换高品质装备时可以直接穿戴，不必为了保护神石提前拆卸；但如果装备本身要进行会清除镶嵌内容的升级、融合或特殊改造，就应先查看操作确认框，确认神石是否保留。不同神石的属性不能无限叠加，同类效果超过3个时，多出的部分不会生效，因此替换前要检查当前装备和其他部位的搭配，避免花费1万传奇币拆下有效神石，却换上一颗因同类数量超限而不增加属性的神石。对于中后期玩家，建议先确定主攻方向，再一次性调整3个孔位，减少重复拆卸带来的传奇币消耗。
